En voldsom kosmisk storm fejede gennem vores solsystem. Planeterne blev spredt som bolde på stedet, og Pluto blev smidt ud af systemet og båret væk i en ukendt retning. Den stakkels fyr vågnede op på et ukendt sted langt fra sin oprindelige søn. Han ønsker ikke at suge for at se efter en anden stjerne, han har til hensigt at vende hjem. Hjælpe planeten i Pluto's Revenge, returen vil ikke være så hurtig, for på vejen vil der være små onde planeter, der forsøger at stoppe Pluto og endda sprænge det op. Men vores helt kan også skyde energiklubber, og når kun et vådt punkt forbliver fra fjenden, skal du tage trofæetasten.
