I Secret Lagoon's historie møder du Paul. Han er en tredje generation sømand og rejser ofte på sin lille båd under sejl. Helden elsker at udforske nye steder, der foregår lange rejser. Denne gang var han fabelagtig heldig, han fandt en lagune, som ikke er markeret på et kort. Det syntes mærkeligt, for der var næsten ingen hvide pletter, hele øen blev markeret og undersøgt, og af en eller anden grund savnede de denne lagune. Kaptajnen vil forankre og undersøge stedet i detaljer. Han vil finde ud af de fundne objekter, der var her for ham, og hvorfor det nu er øde.
