På en af de tabte planeter i rummet var der et hemmeligt laboratorium, hvor forskere udførte eksperimenter med fanger, der inokulerede dem med fremmede gener. Så de var i stand til at skabe monstre, der brød fri og ødelagde næsten alt stationens personale. Din karakter i Doom Dr. Scifi var i stand til at overleve i denne kødslibemaskine. Nu skal du hjælpe ham med at komme ud af basen og rapportere, hvad der skete med jorden. Din helt bliver nødt til at gå gennem basens korridorer og værelser og kæmpe med monstre. Du skal skyde dine våben nøjagtigt for at ødelægge alle de monstre, du møder.