Den unge pilot Tom modtog en ordre fra sin kommando om at infiltrere fjendens rumstation. For at lande på det bliver han nødt til at bruge sit rumskib. Du i spillet X-Trench Run skal hjælpe vores helt med at gennemføre disse handlinger. På dit skib flyver du langs rumbunden. På din vej vil støde på forskellige forhindringer og fælder. Når du foretager manøvrer i rummet på dit rumskib, bliver du nødt til at undgå en kollision med disse forhindringer.
