Foretagne eksperimenter på objekternes evne til at formindske i størrelse faldt forskere i mikrouniverset. Det viste sig, at det var beboet af små aggressive væsener, der angreb vores figurer. Nu er du i spillet Codename Space Babes nødt til at hjælpe dine helte med at kæmpe for deres liv. De vil blive angrebet på forskellige fly. Du styrer dit skib bliver nødt til at foretage manøvrer og tage ham ud af beskydningen. Ved hjælp af dine kanoner skyder du tilbage og skyder fjendens skibe ned.
