I en fjern fremtid har forskere lært at reducere genstande til mikroskopiske størrelser. I spillet Spore Hunter besluttede de i dag at sende piloten på et specielt fly for at udforske mikroverdenen. Din helt bliver nødt til at flyve langs en bestemt rute og udforske denne verden. Skabninger bestående af sporer vil angribe vores helt. De indtastede numre vil være synlige i dem. De betyder, hvor mange hits du skal gøre for væsenet for at ødelægge det. Du kloge manøvrering på dit skib skyder mod det fra dit våben og ødelægger sporer.
