Guidens lærling Tom i dag bliver nødt til at hjælpe sin lærer med at skabe forskellige slags monstre. Du i spillet Monster Merge slutter sig til hans oplevelser. Før du på skærmen vil du se jordoverfladen brudt i et lige antal celler. Forskellige typer og farver på monstre vises i dem. Når du nøje har undersøgt alt, bliver du nødt til at finde to identiske væsener. Derefter forbinder du dem ved hjælp af specielle kontrolpile med en linje. Så smelter de sammen, og du får en ny slags væsen.