En af aristokraterne hyrede en ninja-gruppe til at dræbe den japanske kejser. Du er i Beat Ninja Blam! du bliver nødt til at beskytte ham. For at trænge ind i paladset lavede ninja krigerne en grave. Du bliver overfaldet og venter på, at de ser ud. Før du på skærmen ser du hullerne, hvorfra ninja vises. Du reagerer hurtigt bliver nødt til at klikke på dem med musen. Således vil du slå mod dem og ødelægge dem. For hver besejret fjende får du et vist antal point.
