I det nye Ninja vs Ninja-spil går du til den verden, hvor folk i boksen bor. Der er en krig mellem de to ninja-ordrer, og du vil deltage i en af u200bu200bdem. Din karakter er en rød boks mand. Han vil være i det rum, hvor hans modstander er blå. Mellem dem vil der være forskellige forhindringer og fælder. Du bliver nødt til at guide din karakter gennem alle disse farer og angribe din modstander. Ved hjælp af forskellige kastevåben ødelægger du fjenden og får point for det.
