Vertex Shifter ligner en sokoban, men lidt mere kompliceret og køligere. Hovedpersonerne er røde pixelkugler, der lever i en mørk underjordisk labyrint. De beder dig om at levere dem til speciel sort trekantet parkering, hvor bolden bliver til en anden figur. Der er et nummer på bolden, og det betyder antallet af trin, en karakter kan tage. Du skal bane vejen, så disse trin er nok til, at han kan komme til det punkt. Hvis trekanten også har et tal, skal du trække det fra antallet af bolden, og forskellen er antallet af træk, du skal foretage inden denne parkeringsplads.