I en fjern fremtid udviklede forskere et specielt miniatyrskib, som det var muligt at ødelægge forskellige slags vira med. Du i spillet Virus Hunter vil kontrollere det. Før du på skærmen ser du den menneskelige krop, som denne enhed befinder sig i. Han vil gradvist flyve fremad med hastigheden. På vej vil der opstå forskellige bakterier. Du skal nøjagtigt skyde fra specielle værktøjer for at falde ned i disse bakterier og dermed ødelægge dem.
