I den moderne verden er der ganske mange dødbringende vira, der forårsager død for forskellige levende væsener. I dag i Kill The Microbes bliver du nødt til at bekæmpe nogle af deres arter. Før du på skærmen kan du se flere mikroorganismer placeret forskellige steder på spillebanen. Du skal vælge en af u200bu200bdem og klikke på den med musen. På denne måde injicerer du medicinen og får bakterien til at eksplodere. Hendes stykker, der falder ned i andre mikroorganismer, ødelægger dem, og du vil modtage point for dette.
