I den anden del af Virus Ninja 2-spillet hjælper du en modig ninja-kriger med at bekæmpe forskellige vira. Før du på skærmen vil der være en spillebane, hvor forskellige bakterier vises. De bevæger sig i forskellige retninger og i forskellige hastigheder. For at ødelægge dem skal du bruge et sværd. Se omhyggeligt på skærmen og kør objekter med musen. Således vil du slå på bakterierne og hugge dem i stykker. Undertiden kan der vises bomber blandt disse objekter. Du skal ikke svinge dem.
