Bonde Tom gik ind i haven for at klatre mod muldvarp. De graver konstant huller i jorden og stjæler dens grøntsager. Du i Whack A Mole er nødt til at ødelægge dem alle. Før du på skærmen vil en bestemt del af haven være synlig. På det vil være muldyr. Deres muldvarp vises. Du skal nøje se på skærmen, og så snart molen vises, skal du klikke på den med musen. Således vil du slå ham med en hammer og ødelægge muldvarp. Hvert dyr, du dræber, bringer dig point.