En ung arkæolog ved navn Tom opdagede et forladt maya-tempel i naturen i Amazonas-junglen. Vores helt besluttede at infiltrere sit territorium og udforske alt omkring. Du i spillet The Mayan Menace hjælper ham på dette eventyr. Ved hjælp af kontroltasterne fortæller du din karakter i hvilken retning han skal bevæge sig. På vej vil der opstå fælder, som du bliver nødt til at omgå. Husk også, at templet er beskyttet af døde maya-zombier. Du er nødt til at bekæmpe dem. Ved hjælp af dit våben vil du ødelægge fjenden og få point for det. Hvis trofæer falder ud af zombierne, bliver du nødt til at samle dem alle.
