Robotten gik ud på krigsstien, selvom den blev lavet specielt til militære operationer. Men denne gang bliver han nødt til at modsætte sig sin egen. Nogle af robotterne blev omprogrammeret af terrorister. De ønsker ikke længere at ofre sig selv for en stor sag, men besluttede at bruge kontrollerede metalkrigere. Fra militærlagre blev en hel gruppe nylavede robotkæmpere stjålet. De var planlagt til at blive løsladt mod terroristerne, men det viste sig omvendt, nu kæmper de på fjendens side og har erobret flere vigtige bygninger i byen. I Run Gun Robots hjælper du din trofaste robot med at rydde alle fangede punkter og udslette fjender nådesløst. Din helt vil bevæge sig hurtigt uden at være opmærksom på forhindringer - det er din bekymring, så robotten har tid til at hoppe og skyde undervejs.
