Mange børn lider af forskellige sygdomme i barndommen. Derfor tager deres forældre dem ofte til hospitalet, hvor de bliver behandlet. I Happy Doctor Mania arbejder du som læge på et af byens hospitaler. Børn bringes til din aftale i dag. Når du har valgt en patient, finder du dig selv på kontoret med ham. Først og fremmest bliver du nødt til at undersøge patienten for at diagnosticere hans sygdom. Når du genkender det, vises et specielt kontrolpanel. Med sin hjælp kan du bruge forskellige slags medicinske instrumenter og stoffer. Ved at udføre visse handlinger konsekvent, vil du helbrede patienten og gå videre til den næste patient.
