På en af u200bu200bøerne i Stillehavet var der en hemmelig regeringsbase, hvor forskere gennemførte eksperimenter på mennesker. Men problemet er, at forsøgspersonerne brød fri og ødelagde det meste af basepersonalet. Nogle af forskerne formåede alle at flygte og låste sig inde i kantinen på basen. I Cry Islands-spillet bliver du nødt til at trænge ind på øen og ødelægge alle mutanter. Din helt vil blive afleveret med helikopter i en bestemt del af øen. Med våben klar, bliver du nødt til at bevæge dig frem og se dig omhyggeligt. Så snart du bemærker fjenden, bliver du nødt til at rette dit våben mod fjenden og åbne ild for at dræbe. Hvis du skyder nøjagtigt på fjenden, vil du ødelægge ham. For hver drab får du et bestemt antal point.
