I en lille amerikansk by er der åbnet en ny klinik, der behandler forskellige kæledyr. I det nye Doctor Pets-spil arbejder du som læge. Hospitalets lobby vises på skærmen foran dig, hvor dine patienter vil være placeret. Du bliver nødt til at vælge et dyr med et museklik. Derefter finder du og din patient dig selv på kontoret. Først og fremmest skal du bruge forskellige medicinske instrumenter til at undersøge patienten og diagnosticere ham. Derefter skal du starte behandlingen. Hvis du har problemer i spillet, er der hjælp. Hun viser dig rækkefølgen af dine handlinger og de stoffer, du bruger. Når du har udført alle manipulationerne, vil din patient være sund, og du kan begynde at behandle det næste dyr.
