I en fjern vidunderlig verden lever væsner som Pokemon. De er opdelt i grupper, der tilbeder naturåndene. Engang udførte tilbedere af ild og vands ånder et ritual og kaldte disse guddommelige enheder ind i denne verden. Men de viste sig at være meget onde ånder og kom ud af kontrol. Nu er hele planeten i kaos, og naturkatastrofer opstår konstant. Du i spillet Pokemon Emerald Version bliver nødt til at bekæmpe dem. Foran dig på skærmen vil du se et bestemt område, hvor dine figurer vil være placeret. De vil for eksempel angribe ildens ånd. Du styrer deres handlinger ved hjælp af et dedikeret kontrolpanel. Med sin hjælp vil du tvinge din Pokémon til at anvende forskellige magiske trylleformularer, som de vil skade deres modstander med.
