En lille gruppe af uretfærdigt dømte fanger besluttede at arrangere et jailbreak. I spillet Prison Break 3D hjælper du dem med at få gratis. Foran dig på skærmen vil du se din gruppe stå i fængslets korridor. De var i stand til at åbne låsen og komme ud af cellen. Nu bliver du nødt til at guide dem ad en bestemt rute. Du kan kontrollere deres handlinger ved hjælp af kontroltasterne eller musen. Celler installeres i fængselslokalerne såvel som vagter. Du er nødt til at overveje dette. Din rute skal være uden for kameraets overvågningsområde. Du bør heller ikke blive fanget af vagterne. Hvis dette sker, vil der blive alarmeret i fængslet, og dine fanger bliver fanget.
