Krig brød ud mellem de to ordrer af ninja. Du i spillet Ninja Versus Ninja vil deltage i denne konfrontation. I begyndelsen af spillet bliver du nødt til at vælge din karakter. Under den får du våben og ammunition. Derefter vil din helt være i et bestemt område. Din modstander vil være i den modsatte ende af placeringen. Ved signalet bliver du nødt til at bevæge dig i hans retning. Så snart du kommer tæt på, begynder duellen. Du kan slå med dit sværd eller bruge kastevåben. Din opgave er at dræbe fjenden så hurtigt som muligt og få point for det. Han vil også angribe dig. Du bliver nødt til at undvige hans slag eller blokere dem med dit sværd.
