En ung Shinobi-fyr trænes på en hemmelig ninja-skole. Vores helt skal efter eksamen være en kampsportmester. Han tilbringer hver dag i forskellige træningssessioner. I dag i spillet Shinobi Slash vil du slutte dig til ham i en af dem. Et bestemt område vil være synligt på skærmen foran dig. Din helt vil stå på en stokpost. Over ham, i en bestemt højde, vil der være et objekt, som han bliver nødt til at gribe. For at gøre dette skal du tvinge helten til at lave et højdespring ved at klikke på skærmen. På samme tid flyver forskellige kastevåben mod din karakter fra forskellige sider. Du, der leder handlingerne, bliver nødt til at afvise alle disse objekter med et sværd. Hvis du ikke har tid til at reagere, vil din helt dø, og du vil mislykkes gennemgangen af niveauet.
