En ung fyr ved navn Jack efter akademiet fik et job på en veterinærklinik. I dag har vores fyr sin første dag på arbejde, og i spillet My Pet Vet Hospital hjælper du ham med at udføre sine pligter. Foran dig på skærmen vil der være et akutrum på klinikken, der vil blive fyldt med forskellige typer dyr. Du kan klikke på en af dem. Derefter vil dette dyr være på dit kontor. Først og fremmest bliver du nødt til at undersøge ham og diagnosticere hans sygdomme. Så kan du starte behandlingen. For at gøre dette bruger du forskellige former for medicinske instrumenter og stoffer. Der er hjælp i spillet, der fortæller dig i hvilken rækkefølge du bliver nødt til at udføre dine handlinger. Når du er færdig, vil dyret være sundt, og du kan begynde at behandle en anden patient.
