En ung dreng Kyoto sluttede sig til ninjakrigernes hemmelige orden. Han blev sendt til bjergene i et specielt tempel, hvor akademiet er placeret, hvor alle begyndende krige trænes. I dag har vores helt en træningssession, og du vil hjælpe ham med at lede ham i Ninja Academy-spillet. Foran dig på skærmen vil du se din karakter, der står i templets gård. Et specielt panel med kontroltaster findes under det. Med hendes hjælp vil du lede din heltes handlinger. Objekter vises foran ham fra forskellige sider. Du, der leder helten, bliver nødt til at påføre dem nøjagtige slag ved hjælp af hænder eller fødder. Hvert nøjagtigt hit giver dig et bestemt antal point. Efter at have øvet slagene, vil du gå videre til at udarbejde forskellige teknikker.
