En modig ninjakriger ved navn Kyoto sluttede sig til hans lands hemmelige division. Hans opgave er at eliminere mafiaens chefer. I dag i spillet Stealth Master 3D hjælper du ham med at udføre forskellige opgaver. Foran dig på skærmen vil du se din karakter, der er i bygningens rum med et våben i hænderne. Bevæbnede vagter vil gå rundt på gulvet. Du vil bruge kontroltasterne til at kontrollere handlingerne i din karakter. Du bliver nødt til at sørge for, at han snigende sneg sig op til fjenden og derefter stak med sit sværd. Således vil du dræbe fjenden og få point for det. Din opgave er at rydde hele gulvet fra vagterne på denne måde og dræbe chefen.
