Den berømte lejesoldat, med tilnavnet Storm, blev hyret af den amerikanske regering til at udføre en hemmelig mission. Vores helt bliver nødt til at bryde gennem floden til fjendens militærbase og ødelægge flere højtstående kommandører der. Du i spillet Commando Boat hjælper helten med at udføre denne opgave. Foran dig på skærmen vil du se en flod, hvor din karakter vil skynde sig på sin båd, gradvist vinde fart. På vejen for dets bevægelse vil forskellige slags forhindringer opstå. Ved hjælp af kontroltasterne vil du tvinge båden til at manøvrere på vandet og dermed undgå kollisioner med disse forhindringer. Floden patruljeres af fjendtlige skibe og både. Du nærmer dig dem bliver nødt til at åbne ild for at dræbe. Ved at skyde nøjagtigt vil du ødelægge fjendens skibe og få point for det. Prøv også at samle guldmønter og andre genstande, der flyder i vandet. De giver dig point og kan tildele dig forskellige nyttige bonusser.
