Et væsen ved navn Pixelmon bor i Minecraft-verdenen. På en eller anden måde gik vores helt til de mest afsidesliggende regioner i landet for at bosætte sig her og bygge en lille by. Du i spillet Pixelmon Craft hjælper ham med dette. Foran dig på skærmen vil du se din karakter, der er et bestemt sted. På siden af det vil et lille kort være synligt med ikoner, der angiver placeringen af forskellige ressourcer. Din helt bliver nødt til at besøge alle disse steder og få disse ressourcer. Derefter, ved hjælp af et specielt kontrolpanel, vil du starte opførelsen af forskellige bygninger til vores heltes behov. Du kan også oprette nye værktøjer og våben.
