En modig frø ved navn Frog blev trænet i ninjakrigernes tempel. For at modtage titlen som mester skal han nu gennemføre et antal missioner, der er betroet ham af ordenschefen. I spillet Ninja Frog Adventure hjælper du Frog på hans eventyr. Din helt bliver nødt til at gå gennem mange forskellige steder og samle guldmønter og andre genstande spredt overalt. Ved hjælp af kontroltasterne peger du frøen i hvilken retning den skal bevæge sig. Ganske ofte på vej vil der være forskellige slags fælder og forhindringer. Du bliver nødt til at få helten til at hoppe og flyve gennem luften gennem alle disse farlige dele af vejen. Også helten vil blive jaget af forskellige monstre og levende svampe med svampe. Han kan simpelthen hoppe over dem eller falde på deres hoveder og dermed ødelægge dem. For at dræbe en fjende modtager du point.
