En dreng ved navn Wako, der gik nær bjergene, opdagede indgangen til et gammelt fangehul. Vores helt er meget nysgerrig. Han besluttede at gå ned i det og udforske. Du i spillet Wacky Dungeons hjælper ham på dette eventyr. Din karakter vil være synlig på skærmen foran dig. Han vil stå i fangehallen med en skovl i hænderne. Der vil være monstre i en vis afstand fra det. For at din helt kan gå til det næste niveau, skal han ødelægge dem. Du vil styre hans handlinger ved hjælp af et specielt kontrolpanel. Din helt angriber fjenden og slår slag med en spade vil ødelægge ham. Monstre vil også angribe din helt. Derfor bliver du nødt til at gøre det, så han undviger deres slag eller blokerer dem. Efter fjendens død vil du være i stand til at hente trofæer, der vil falde ud af ham.
