En modig samurai ved navn Kyoto lever i pixelverdenen. I dag skal vores helt rejse til fjerntliggende områder i sit land og bekæmpe forskellige kriminelle der. Du i spillet Pixel Samurai vil hjælpe ham med dette. Din samurai vil være synlig på skærmen foran dig, som er placeret i et bestemt område. Ved hjælp af kontroltasterne får du ham til at løbe fremad. Se nøje på skærmen. På din heltes vej vises forskellige slags forhindringer og huller i jorden. Når din karakter er i en vis afstand fra dette farlige område, bliver du nødt til at få ham til at hoppe. Således vil din helt flyve gennem luften gennem denne fare og være i stand til at fortsætte sin vej.
