Ninja-riget er igen rastløst – en gammel ondskab er vågnet i fangehullerne og dens indflydelse har spredt sig til rigets indbyggere. Afgrøder tørrer ud, mennesker og dyr bliver syge, og det reducerer statskassen. I spillet Kingdom of Ninja 2 vil ninja-kongen igen gå til de underjordiske templer for at befri dem for ondskabens skabninger. Derudover ledsages hver optræden af overjordiske skabninger også af bevægelsen af kister med guld ind i labyrinterne. Dette er et mærkeligt fænomen, men det er blevet observeret, at når alle skattene er væk, opløses monstrene. Dette er et meget heldigt tilfælde, for på denne måde vil kongen være i stand til at genopbygge statskassen og støtte indbyggerne i sin stat. Du vil gå under jorden med ham og hjælpe ham med at bestå alle prøverne. En masse fælder venter på ham, som vil dukke op fra polyet og loftet. Nogle vil bevæge sig langs korridorerne, og du bliver nødt til at manøvrere behændigt for at undgå at kollidere med dem. Efter at have mødt monstre, prøv ikke at engagere dem i kamp, da din helt er ubevæbnet, det er bedre for dig at snige dig forbi dem ubemærket eller blot hoppe over og fortsætte på din vej i spillet Kingdom of Ninja 2. Saml hver enkelt mønt, og så er fangehullet sikkert igen.
