I nogen tid levede ninja-riget roligt og udviklede sig, nye byer blev bygget, befolkningen steg, og så begyndte der at komme alarmerende signaler fra udkanten. Folk begyndte igen at bemærke indflydelsen fra mørke kræfter fra de gamle fangehuller. Så den firkantede ninja-konge skal ned i katakomberne igen og rydde dem i spillet Kingdom of Ninja 4. Du og han vil finde dig selv ved indgangen til labyrinten og vil hjælpe ham med at passere niveauerne efter hinanden. Du skal gå fra det røde flag til døren, men for at gøre dette bliver du nødt til at bruge maksimal fingerfærdighed, for der er mange fælder forude. Disse vil være roterende save, skarpe pigge, kanoner, der skyder kanonkugler fra væggene og mange andre. Du skal behændigt manøvrere mellem dem, hoppe over og bevæge dig mod målet. Monstre vil komme mod dig, men prøv ikke at dræbe dem, da din helt er ubevæbnet, er det bedre blot at omgå dem i spillet Kingdom of Ninja 4 - de vil ikke forfølge dig. Saml dyrebare krystaller, guldmønter og åbne skattekister. Når du når det sidste niveau og samler alle værdigenstandene, vil de efterladte monstre fordampe og vil ikke længere forårsage problemer for kongerigets indbyggere.
