I anden del af Funny Throat Surgery 2 vil du fortsætte med at arbejde som tandlæge på et hospital. Patienter med tandsygdomme kommer til din tid. Først og fremmest skal du omhyggeligt undersøge mundhulen og diagnosticere patienten. Derefter vises et kontrolpanel, hvor forskellige medicinske instrumenter og medicin vil være synlige. Ved konsekvent at anvende disse emner udfører du et sæt handlinger, der tager sigte på at behandle patienten. Når du er færdig, vil han være helt rask, og du vil begynde at behandle andre patienter.
