Det er blevet en god tradition for superhelte fra Marvel -universet at gå alene ud mod en hær af monstre. I Batman Commander hjælper du Batman med at afvise angreb fra monstre fra rummet. Meget ubehagelige skabninger, der ligner fabelagtige nisser, vil angribe både fra luften og fra jorden. For ikke at blive et let mål vil helten være i bevægelse hele tiden, det vil sige at løbe. På flugt skal du skyde på fjender, der bevæger sig mod eller angriber ovenfra. Behændighed og fingerfærdighed kræves af dig. Opgaven er at få det maksimale antal point. Helten har tre liv, deres antal afspejles i øverste venstre hjørne. Når man står over for en fjende, forsvinder ét liv i Batman Commander.
