I Fruit Doctor vil du som læge rejse til et magisk kongerige, hvor forskellige frugter lever side om side med mennesker. Du vil arbejde på et hospital, der behandler disse fantastiske skabninger. Før du på skærmen vil du se dit kontor, hvor patienten vil være på bordet. Det kan være enhver frugt. For at starte behandlingen skal du diagnosticere ham. Hvis du har problemer i spillet, er der hjælp, som viser dig rækkefølgen af handlinger i form af tips. Efter at have gennemført dem kan du helbrede din patient og gå til det næste niveau i spillet.
