En gruppe udlændinge ankom til vores planet fra dybden af rummet for at indsamle prøver og stjæle dyr og mennesker til forsøg. Du i spillet Aliens Vs Math vil redde mennesker og dyr fra fangenskab. En lysning vises på skærmen foran dig, hvor der vil være en ko. Over den vil en fremmed UFO svæve i luften. Du bliver nødt til at skyde ham ned med dine kanoner. For at våbnet kan affyre et skud, skal du løse en bestemt matematisk ligning, der vises foran dig på skærmen. Efter at have gjort dig bekendt med ligningen ved hjælp af et specielt numerisk panel, bliver du nødt til at skrive svaret. Hvis den er givet korrekt, vil du affyre kanonen og skyde UFO'en ned.
