Svamperiget har været udsat for en rumvæseninvasion. Fremmede robotter går langs platformene og gaderne og truer alle beboere med deres jernkløer. Mario er den eneste, der er i stand til at modstå aggressoren, han har allerede spist svampe, blevet en stor Super Mario, bevæbnet sig med en hammer og sten og er klar til at kæmpe. Hjælp helten, han vil bevæge sig ret hurtigt, og ved at trykke på de valgte knapper i nederste højre hjørne, få ham til enten at kaste med sten eller slå fjendens hoved med en hammer. Det er bedre at kaste sten efter større robotter. Og for små er et kraftigt slag i hovedet i Super Mario Run nok.
