Den ældre ninjamester Kyoto besluttede at give sig selv en færdighedstræning. Du i spillet Fruit Ninja vil slutte dig til ham i dette. Et rum, hvor din karakter vil være, vises på skærmen foran dig. På et signal vil frugter begynde at flyve ud fra forskellige retninger. De vil gyde i forskellige højder og flyve med forskellige hastigheder. Din opgave er at skære alle disse frugter i stykker. For at gøre dette skal du omhyggeligt se på skærmen. Så snart frugterne dukker op, skal du bare begynde at flytte musen hen over dem. Således vil du skære frugten i stykker og få point for det. Men vær forsigtig. Bomber lurer muligvis blandt frugterne. Hvis du rører ved dem, vil der opstå en eksplosion, og du vil miste niveauet. Så bliver du nødt til at starte forfra med passagen af Fruit Ninja-spillet.