Den hemmelige agent, kodenavnet #46, skal udføre en række missioner rundt om i verden i dag. Du i spillet Super Spy Agent 46 vil hjælpe ham med dette. Ved at vælge en mission, vil du finde dig selv i et bestemt område. Ved hjælp af kontroltasterne får du din helt til at bevæge sig fremad. Se dig omhyggeligt omkring. Så snart du bemærker fjenden, skal du rette dit våben mod ham og fange ham i kikkerten. Når du er klar, skal du åbne ild for at dræbe. Ved at skyde præcist vil du dræbe fjender. For dette får du point. Efter en fjendes død kan trofæer falde ud af ham. Du bliver nødt til at samle disse genstande. De vil hjælpe din helt med at overleve og vinde yderligere kampe.
