I den magiske verden er Kongeriget Sweets blevet invaderet af en mørk tryllekunstner med en hær af monstre. Han var i stand til at fange flere låse, og nu skal de befries. Et hold af modige riddere og tryllekunstnere besluttede at gøre dette, og i Cookie Run: Kingdom vil du hjælpe dem på dette eventyr. Dit hold vil være synligt på skærmen foran dig, som bevæger sig fremad langs vejen. Så snart de møder fjendtlige soldater, vil kampen begynde. Et kontrolpanel med ikoner vil være placeret nederst på skærmen. Ved at klikke på dem kan du kommandere dine karakterers handlinger. Ved at sende riddere ind i angrebet og tvinge tryllekunstnerne til at bruge dine besværgelser, vil du påføre fjenden skade, indtil du fuldstændig ødelægger ham. Fjenden vil også angribe dig. Glem derfor ikke beskyttende og helbredende besværgelser.
