Blandt mikroberne, hvis verden er stor og ikke fuldt ud forstået, er der både skadelige og endda farlige og nyttige, uden hvilke mennesket og andre levende ting ikke kan klare sig. I Avoid The Germs hjælper du en lille citronfarvet mikrobe med at overleve i en farlig verden. Han forsøger at rense kroppen for affald så meget som muligt, men på dette stadium har han brug for hjælp, fordi der er dukket onde store røde mikrober op. De vil jagte knægten og forsøge at fortære den stakkels fyr, og det afhænger af dig, hvor længe han vil vare i Avoid The Germs.
