Vand eller enhver anden væske, som følger tyngdeloven, vil strømme ned, hvis den finder en vej ud for sig selv, selv en lille revne. I Water Flow 3D skal du lade det flyde frit for at fylde de firkantede beholdere, der er placeret i bunden. Antallet af beholdere vil variere, men du skal huske, at kun væske af den tilsvarende farve kan hældes i dem. For at gøre dette skal du åbne klapperne i den rigtige rækkefølge. Nogle gange skal væsker blandes, og glaspartier skal brydes med tunge kugler i Water Flow 3D. Der er mange niveauer, og de er forskellige i at sætte opgaver.
