To brødre, der var på rejse, fandt indgangen til en mystisk hule. De besluttede at udforske den, men havde ikke mistanke om, at den var en portal til en anden verden, og den viste sig at være åben. Heltene viste sig på et øjeblik at være meget langt fra deres hjem, og det er ikke længere muligt at vende tilbage på samme måde. Portalen er lukket, du skal kigge efter andre udgange, og du vil hjælpe heltene i deres søgen i Super Brothers-spillet. På hvert niveau er det nødvendigt at samle sekssidede krystaller og nøgler uden fejl. Uden dem vil stendørene ikke åbne. Hver bror har sine egne evner. Den ene ved, hvordan man nemt passerer vandbarrierer, og den anden - brand. Heltene skal hjælpe hinanden med at undgå fælder og samle nøgler i Super Brothers.
