En lille by blev erobret af en hær af skeletter, og du, som en jæger af onde ånder, modtog en anmodning fra indbyggerne om at rense byen for skurke. Indbyggerne måtte forlade deres hjem, og de vil hurtigt vende tilbage til dem, så du skal hurtigt og effektivt håndtere invasionen i Skeleton Hunter. Flyt mellem huse, brug dem, samt træer, andre genstande og bygninger som beskyttelsesrum. Lad ikke skeletterne omgive dig og se omkredsen, fjenden kan dukke op fra hvor som helst, bogstaveligt talt vokse op af jorden. Skeletter er på trods af deres skrøbelighed meget farlige og stærke, foruden at de er bevæbnede og endda udstyret i Skeleton Hunter.
