Helten i City Run 3D er en indfødt borger. Han bevæger sig rundt i byen i bil, sidder derhjemme og ser tv og bevæger sig generelt lidt. Snart begyndte han at bemærke, at hans vægt steg. Det blev sværere for ham at gå op ad trapper og generelt begyndte hans helbred at blive dårligere. Dette skræmte helten lidt, og han besluttede sig for at dyrke sport og valgte at løbe. Lige om morgenen gik han en løbetur, og han beder dig hjælpe ham med at reagere på forskellige forhindringer. På vejen, hvor han vil løbe, kører biler, der er forskellige forhindringer, som du skal bøje under. Saml mønter ved at styre WASD-tasterne. Hjælp helten med at løbe så langt som muligt i City Run 3D.
