Den lille mus faldt i en fælde og blev fanget af folk. Nu sidder han i et bur og drømmer om frihed. Du i spillet Mouse Escape bliver nødt til at hjælpe helten med en vovet flugt. Et bestemt område vil dukke op på skærmen foran dig, hvor der vil være et bur, hvori musen vil sidde. Du bliver nødt til at gå rundt på stedet og omhyggeligt undersøge alt. Se efter genstande, der hjælper din helt med at komme ud af buret, og undslippe derefter. Disse genstande kan skjules på de mest usædvanlige og nogle gange uventede steder. Ganske ofte, for at komme til dem, bliver du nødt til at løse et puslespil eller rebus. Efter at have samlet alle genstande og nøgler, vil du hjælpe musen med at komme ud af buret og flygte.
