Din mission i Save from Aliens III er at redde byen fra en rumvæseninvasion. Kun dit jagerskib vil stå vagt og forsvare. Du kan ikke flyve mod, men kun bevæge dig i et vandret plan. Opsnappe uidentificerede objekter, der flyver fra oven, og som ligner skibe. Det er nødvendigt at skyde på dem, indtil en brændende sky af eksplosion dukker op. Nogle fjendtlige flyvende tallerken-lignende skibe kan nå bygninger hurtigere end andre. Skyd dem først og ødelæg derefter resten. Angrebene vil intensiveres, din opgave er at forhindre bygningerne bag dig i at blive ødelagt i Save from Aliens III.
