I starten af spillet er Freaky Monster Rush en almindelig mandlig person. Han er klar til at ændre sig, og radikalt bliver han til et voldsomt monster. Dette er nødvendigt, fordi en frygtelig modstander venter på ham ved målstregen, som kun kan besejres af en stærk mutant. For at få et stærkt og uovervindeligt monster skal du smelte heltens løb ind i den rigtige port. I dette tilfælde skal du samle DNA-kæder, gerne af samme farve, og undgå tønder og sammenstød med modstandere, der kan tage noget af magten. Når du vælger porte, skal du se, hvad de ændrer ved outputtet, og distribuere mutationer til hele kroppen, så der ikke er forvrængninger ved målstregen i Freaky Monster Rush.
