I spillet Atom War kommer du til den verden, hvor de mindste partikler lever, som vi kalder atomer. En krig er begyndt i denne verden, og du vil tage del i den. Du vil se dit røde atom på skærmen foran dig. Det vil have en vis størrelse, og et lille kraftfelt vil være synligt omkring det. Omkring dit atom vil andre partikler begynde at dukke op med en blå farve. Du bliver nødt til omhyggeligt at undersøge dem og finde dem, der er mindre end din karakter i størrelse. Det betyder, at disse partikler er svagere end dit atom. Du bliver nødt til at jage dem og derefter angribe. Ved at ødelægge det blå atom vil du modtage point, og din karakter bliver større og stærkere.
